вот в чём штука

Разг. Экспрес. Дело именно в том; в этом-то и суть чего-либо. — Но ведь вот в чём штука: бывают в жизни такие случаи, когда мямля может насолить ближнему не хуже отъявленного негодяя (Писарев. Роман кисейной девушки).

Источник: Фразеологический словарь русского литературного языка на Gufo.me